عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان قانون اساسی ایران، گفته است این شورا هم ممکن است در کار خود مرتکب اشتباه شود و باید پاسخگوی عملکرد خود باشد.
آقای کدخدایی در نشست اتحادیه انجمنهای اسلامی دانشجویان مستقل که به گروههای اصولگرا نزدیک است گفته است شورای نگهبان مانند هر نهاد دیگر در ایران باید پاسخگوی عملکرد خود باشد و "ما هر لحظه برای پاسخگویی آمادهایم و از آن ابایی نداریم و استثنایی برای خود قائل نیستیم."
سخنگوی شورای نگهبان گفته است از انتقاد "مخصوصا" اگر از سوی دانشجویان انقلابی و علاقمند به نظام مطرح شود، استفاده خواهد شد.
عملکرد شورای نگهبان در مورد تائید صلاحیت نامزدهای انتخاباتی از جمله رد صلاحیت اکبر هاشمی رفسنجانی برای انتخابات ریاستجمهوری همواره مورد انتقاد بوده است.
همچنین مساله هواداری برخی اعضای آن در زمان انتخابات موضوعی جنجالی بوده است.
در انتخابات ریاست جمهوری سال ١٣٨٨ هواداری علنی شماری از اعضای شورای نگهبان از جمله احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، از محمود احمدینژاد انتقادهای زیادی را در پی داشت.
آقای کدخدایی در مورد رد صلاحیتها گفته است "ما چگونه میتوانیم اعتقاد و التزام فرد را رصد کنیم. ممکن است اشتباهاتی هم رخ دهد ما هم مثل شما انسانیم."
سخنگوی شورای نگهبان گفته است "قبول دارم که اشتباهاتی رخ می دهد اما تلاش این است که به حداقل برسد."
اخیرا محمود احمدینژاد، رئیسجمهوری سابق، در نامهای به رهبر ایران، درخواست برگزاری انتخابات "فوری و آزاد" ریاست جمهوری و مجلس را کرده و گفته است چنین انتخاباتی باید "بدون مهندسی شورای نگهبان و دخالت نهادهای نظامی و امنیتی و آزاد گذاشتن مردم برای انتخاب" برگزار شود.
این اظهارات با واکنش آقای کدخدایی روبهرو شد و او آقای احمدینژاد را متهم کرده که سعی در مهندسی انتخابات ۱۳۸۸ کرده است.